Боги! Я не знаю как это объяснить? Как вы вообще моды устанавливаете, если не понимаете таких элементарных вещей?
-Это совершенно нормальные вопросы для человека, который только столкнулся с софтом игры и его изменениями. Я помню как я сам 4 года назад дрожащими руками устанавливал свой первый мод в игру.
-Потом за 3-4 месяца все стало ясно и понятно, конечно было много читано и обговорено на форумах. До сих пор с теплотой вспоминаю тех людей, которые объясняли азы мне неумехе.
А вот что делать с замещениями (на будущее ) одинаковых папок - это не ясно. 
-Замещения ОДИНАКОВЫХ ПАПОК не происходит. Происходит так называемое СЛИЯНИЕ папок, то есть когда вы устанавливаете мод в котором есть такие же по названию папки, как папки в игре, например: "Data", "Textures", "meshes" и пр., Виндовс обязательно даст запрос на "слияние" папок, что бы из 2 папок с одинаковым названием сделать одну, при этом совместив в этой папке содержимое и той и другой папки. Представьте у вас есть два пакета с одинаковым названием, например "Тектурес": в одном основные продукты, хлеб, мясо, овощи...Но в другом пакете есть нужная вам сметана. Что бы не нести кучу пакетов вы берете сметану и ложите в пакет с основными продуктами, а лишний пакет просто выбрасываете, или для полной аналогии--перекладываете сметану к основным продуктам и засовываете пакет в пакет(представьте, что при этом эти два пакета сливаются в один. Тоже самое делает Виндоус, когда предлагает "слияние папок"--содержимое папок совмещается в одну папку, а лишняя папка просто удаляется. Так что на вопрос о СЛИЯНИИ папок смело отвечайте ДА, то есть нажимайте ОК.
-Но есть еще один запрос, который может задать Виндовс при установке мода, а именно: ЗАМЕНА ФАЙЛОВ. Например вы ставите мод на изменение внешнего вида посуды в игре. Для того что бы это произошло моддер, который делает мод, берет основные файлы игры отвечающие за вид и форму посуды и в конструкторе модернизирует их по своему вкусу, так как ему нужно, для того что бы получить новые формы, текстуры и раскрасы посуды. Но при этом название МОДИФИЦИРОВАННОГО(измененного) файла остается таким, как и папке с игрой.
-И вот когда вы будете устанавливать такой мод, будет обязательный запрос на ЗАМЕНУ ФАЙЛА, то есть Виндовс видит 2 файла с одинаковым названием: Один в папке находящейся в вашей игре и 2 другой в папке устанавлиемого мода. Дается запрос на три действия: а) заменить файл новым, б) не заменять, в) сохранить в папке оба файла. Что бы не углубляться и не запутывать сразу скажу, при установке модифицированного файла нам нужна только ЗАМЕНА ФАЙЛА, то есть Виндовс заменит старый файл игры на новый-модифицированный в котором вид посуды(для примера) будет отличаться от той которая была в игре до этого, либо может просто добавить новый предмет. Так что если вы полностью УВЕРЕНЫ в своем выборе и желании преобразить игру, то смело жмите функцию ЗАМЕНИТЬ ФАЙЛ--ОК!
