Мне кажется, что стоял плагин меняющий ванильные расы, в том числе и глаза, например, от REN. Потом вы в своем плагине похимичили с ванильными расами. В результате, ваш мод как более новый загружается последним. Может стоит поменять порядок загрузки, чтоб последним как раз загружался плагин по улучшению, то есть шел после вашего мода.